Insurekcja kościuszkowska miała wpisane wśród swych celów objęcie zrywem powstańczym obszar całego kraju. Po tym, jak powstanie ogarnęło Warszawę, należało spodziewać się wystąpienia w Wilnie.

22 kwietnia 1794 roku rozpoczęło się powstanie Polaków na Wileńszczyźnie. Tego dnia powstańcy pod wodzą Jakuba Jasińskiego i Karola Prozora rozbroili garnizon rosyjski. W działalność konspiracyjną byli także zaangażowani patrioci spoza Wilna, którzy byli skupieni wokół oddziałów wojskowych dowodzonych przez generała Antoniego Chlewińskiego. Przeciwko 2 tys. żołnierzy rosyjskich wystąpiło około 400 Polaków. W poprzednich dniach odbyły się liczne aresztowania działaczy patriotycznych, którymi kierował hetman wielki litewski Szymon Kossakowski. Ten podły zdrajca ojczyzny działał w porozumieniu z Rosjanami i pomagał im w rozpracowywaniu polskich działaczy konspiracyjnych. Powstanie było przygotowywane przez Jasińskiego i to on podjął decyzję o jego rozpoczęciu powstania. Uderzenie nastąpiło w nocy z 22 na 23 kwietnia. Zacięta walka, którą zakończył polski sukces, doprowadziła do opanowania Wilna 23 kwietnia nad ranem. Następnego dnia odczytano Akt Powstania Narodu Litewskiego, w którym podkreślona została jedność z insurekcją kościuszkowską i jej założeniami. W tym samym dniu powstała też Rada Najwyższa Rządowa Litewska, której przewodzili wojewoda nowogródzki Józef Niesiołowski i prezydent miasta Antoni Tyzenhauz. Skład Rady stanowili zasłużeni obywatele Wilna. Stworzono deputacje zajmujące się skarbem, administracją, wojskiem. Na czele władz wojskowych stanął Jakub Jasiński. 25 kwietnia stracono oskarżonego o zdradę Szymona Kossakowskiego.

Tadeusz Kościuszko, uznając Najwyższą Radę Rządową Litewską za radykalną, powołał 4 czerwca bardziej umiarkowaną Deputację Centralną Wielkiego Księstwa Litewskiego. Na stanowisko dowodzącego siłami zbrojnymi powołał generała Michała Wielhorskiego. W lipcu rozegrały się dramatyczne walki w obronie oswobodzonego miasta, które przyniosły Rosjanom wielkie straty, a które podnosiły na duchu powstańców. 11 sierpnia Rosjanie podjęli kolejną próbę zajęcia miasta, co ostatecznie udało się im następnego dnia.