Związek Radziecki próbował obarczyć Niemców winą za popełnienie mordu na polskich oficerach w Katyniu. Doniesienia niemieckie o odnalezieniu masowych grobów w lesie katyńskim były przez Sowietów nazywane próbą skłócenia państw koalicji antyhitlerowskiej. Jednocześnie były powodem do zerwania stosunków dyplomatycznych z rządem polskim, który dążył do poznania prawdy.

Niemal od samego początku ludzie stojący na czele Związku Socjalistycznych Republik Radzieckich próbowali zakłamywać historię i zaprzeczać wszelkim dowodom popełnienia przez funkcjonariuszy NKWD zbrodni na polskich oficerach w lesie katyńskim. Odnalezione przez Niemców masowe groby próbowano tłumaczyć jako akt goebbelsowskiej propagandy zmierzającej do politycznego rozbicia państw koalicji antyhitlerowskiej, ze wskazaniem na relacje polsko-sowieckie. 13 kwietnia 1943 roku świat dowiedział się od Niemców o istnieniu masowych grobów w lesie katyńskim, już 15 kwietnia Sowieckie Biuro Informacyjne zaprzeczyło tym doniesieniom i próbowało przekazać światu odmienną narrację, według której to polscy jeńcy mięli pracować na robotach budowlanych na zachód od Smoleńska, a w roku 1941 wpadli w ręce „faszystowskich katów”, gdy wojska sowieckie wycofały się z rejony Smoleńska. W tym samym dniu rząd Rzeczpospolitej Polskiej na uchodźstwie nakazał swojemu przedstawicielowi w Szwajcarii zwrócić się w tej sprawie do Międzynarodowego Czerwonego Krzyża, aby ten zwołał komisję mającą przeprowadzić śledztwo w sprawie odkrytych grobów. 17 kwietnia Polacy złożyli oficjalną notę, jednocześnie dowiadując się, że Niemcy wcześniej także zwrócili się w tej sprawie.

Dla Moskwy sprawa śledztwa prowadzonego przez MCK była niczym cierń w oku. Władze radzieckie bardzo ostro zareagowały na tego typu oskarżenia i już 19 kwietnia w „Prawdzie” ukazał się artykuł zarzucający Polakom współpracę z Hitlerem (zatytułowany „polscy pomocnicy Hitlera”), w którym napisano o nikczemnej prowokacji ze strony Josepha Goebbelsa i jego machiny propagandowej godzącej w dobre imię Kraju Rad i zarzucającej jego władzom dokonanie zbrodni na polskim narodzie. Autorzy artykuły podkreślali swoje obrzydzenie tego typu kłamstwami, ale jeszcze bardziej nie mogli zrozumieć tego, że tej goebbelsowskiej propagandzie ulegli także przedstawiciele rządu polskiego na uchodźstwie. Dla Józefa Stalina cała sprawa posłużyła za pretekst do zerwania stosunków dyplomatycznych z rządem polskim w Londynie. W dniu 21 kwietnia wysłano do prezydenta Stanów Zjednoczonych Franklina Delano Roosevelta i premiera Wielkiej Brytanii Winstona Churchilla jednobrzmiące depesze, w których zarzucono Polakom współdziałanie z Niemcami na rzecz antysowieckiej kampanii. Formalne zerwanie stosunków dyplomatycznych nastąpiło w nocy z 25 na 26 kwietnia 1943 roku. Jak to w swoim zwyczaju miał Zachód w imię dobrych relacji ze Stalinem zaprzestano dochodzenia prawdy odnośnie do wskazania winnego zbrodni katyńskiej i wręcz wspomożono Sowietów w jej ukrywaniu. Niemcy, wobec braku działania ze strony MCK, zorganizowali własną ekipę do celu zbadania tej sprawy, której przewodził doktor Ferenc Orsos z Instytutu Medycyny Sądowej w Budapeszcie. Grupa międzynarodowych ekspertów medycyny sądowej i kryminologii ustaliła, iż zbrodni na polskich oficerach wykonano w marcu i kwietniu 1940 roku.

Gdy Armia Czerwona dotarła do Smoleńska pod koniec września 1943 roku, władze sowieckie powołały własną komisję do sprawy Katynia. Działaniom komisji przewodził profesor Nikołaj Burdenko, której to komisji udało się 22 stycznia 1944 roku zakończyć dochodzenie. Po „rzetelnej” ekshumacji odpowiednio spreparowanych ciał ogłoszono, że zbrodni na polskich oficerach dokonali oczywiście Niemcy i doszło do niej między wrześniem a grudniem 1941 roku. Sowieci w swej wrodzonej bezczelności i zakłamaniu próbowali w 1945 roku podczas procesu w Norymberdze wprowadzić do aktu oskarżenia zarzut odpowiedzialności za zbrodnię katyńską. W roku 1946 orzekający wyrok trybunał norymberski pominął jednak sprawę Katynia z powodu braku dowodów.